生物肥料的种类很多，按其制品中特定的微生物种类分为细菌肥料、放线菌肥料（如抗生菌类）、真菌类肥料（如菌根真菌类）、固氮蓝藻肥料等。根据其作用不同，生物肥料可分为五大类：
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微生物肥料是活体肥料，它的作用主要靠它含有的大量有益微生物的生命活动来完成。只有当这些有益微生物处于旺盛的繁殖和新陈代谢的情况下，物质转化和有益代谢产物才能不断形成。因此，微生物肥料中有益微生物的种类、生命活动是否旺盛是其有效性的基础，而不像其它肥料是以氮、磷、钾等主要元素的形式和多少为基础。正因为微生物肥料是活制剂，所以其肥效与活菌数量、强度及周围环境条件密切相关，包括温度、水分、酸碱度、营养条件及原生活在土壤中土著微生物排斥作用都有一定影响，因此在应用时要加以注意。
生物肥料的种类很多，按其制品中特定的微生物种类分为细菌肥料、放线菌肥料（如抗生菌类）、真菌类肥料（如菌根真菌类）、固氮蓝藻肥料等。根据其作用不同，生物肥料可分为五大类：
（1）有固氮作用的菌肥。包括根瘤菌肥料、固氮菌肥料以及固氮蓝藻等。
（2）分解土壤有机物的菌肥。包括有机磷细菌肥料和复合细菌肥料。
（3）分解土壤中难溶性矿物的菌肥。包括硅酸盐细菌肥料、无机磷细菌肥料等。
（4）促进作物对土壤养分利用的菌肥。包括菌根菌肥料等。
（5）抗病及刺激作物生长的菌肥。包括抗生菌肥、增产菌肥等。
一、提高化肥利用率
微生物肥料中有益微生物能产生糖类物质，占土壤有机质的0.1%，与植物粘液，矿物胚体和有机胶体结合在一起，可以改善土壤团粒结构，增强土壤的物理性能和减少土壤颗粒的损失，在一定的条件下，还能参与腐殖质形成。所以施用微生物肥料能改善土壤物理性状，有利于提高土壤肥力。
生物肥料是智慧农业生产首选产品。
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